حضرت امام در اوج قدرت نظام ستم شاهی، افشاگر روابط پنهان رژیم شاه و اسرائیل بود و مقابله با خطر اسرائیل برای جهان اسلام را بسیار جدی و پیگیرانه دنبال می کرد. امام خمینی اولین مرجع تقلید و پیشوای بزرگ مذهبی بود که مجوز حمایت از مبارزان فلسطینی از محل وجوهات شرعی و زکات و صدقات را صادر نمودند.
آیت الله  سید حسن خمینی در پیامی نوشت: شهادت، آرزوی مردانی بزرگ چون هنیه است؛ اویی که چندین نفر دیگر از اعضای خانواده اش پیش از این شربت شهادت نوشیده بودند. مجاهدانی چون ایشان از میان ما می روند، اما راهشان تا حصول مقصود نهایی تداوم دارد.